– סוכרת סוג 1 – פגיעה בתאי בטא בלבלב.
– אוסטופורוזיס (Osteoporosis) – אובדן מסת העצם, קשורה עם תהליכים דלקתיים אוטואימוניים.
– זאבת אדמנתית מערכתית (SLE) – מחלה רב-מערכתית הפוגעת באיברים שונים.
– דלקת מפרקים שגרונית – דלקת כרונית במפרקים.
– מחלת גרייבס – יתר פעילות של בלוטת התריס.
– השימוטו – תת-פעילות אוטואימונית של בלוטת התריס.
– פסוריאזיס – מחלת עור המאופיינת בריבוי תאי עור.
– דלקת מעי כיבית (UC) וקרוהן – מחלות מעיים דלקתיות.
– טרשת נפוצה (MS) – פגיעה במערכת העצבים המרכזית.
– אנמיה ממארת – פגיעה בספיגת ויטמין B12.
– תסמונת סיוגרן – פגיעה בבלוטות דמעות ורוק.
–דרמטיומיזיטיס – מחלת שריר דלקתית עם מאפיינים בעור.
– אלופציה אראטה – נשירת שיער אוטואימונית.
– דלקת כלי דם.
– סקלרודרמה – התקשות של עור ורקמות.
– תסמונת אנטי-פוספוליפידית (APS) – קרישיות יתר.
– דלקת שרירים (מיוזיטיס) – חולשה ודלקת בשרירים.
– פמפיגוס – מחלת עור הגורמת שלפוחיות.
– ציליאק – רגישות לגלוטן הפוגעת במעי הדק.
– דלקת קרום הלב האוטואימונית.
– תסמונת גודפסטור – פגיעה בריאות ובכליות.
– נרקולפסיה – הפרעת שינה המיוחסת לפעילות אוטואימונית.
– מחלת אדיסון – פגיעה בבלוטות האדרנל.
– טרשת מערכתית – פגיעה ברקמות חיבור ואיברים.
– ליכן פלנוס (Lichen Planus) – מחלת עור ודלקת ריריות המאופיינת בנגעים מגרדים.
– מחלת מנייר – פגיעה במערכת הווסטיבולרית באוזן, הגורמת לסחרחורות, טינטון (רעשי אוזניים) ואיבוד שמיעה.